在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受純水且對極性化合物保留很好的色譜柱
2. 如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否 則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）
3. 若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如極性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留
4.如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強；可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測（優點是方法開發簡單，缺點是目前實 現這一技術的色譜柱品牌比較少，價格也高）或者選用HILIC色譜柱（硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經典的檢測堿性樣品的方法）選擇強離子交換柱（缺點 是不能用來分析其它樣品，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗）也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱
色譜柱按用途可分為分析型和制備型兩類
①常規分析柱（常量柱），內徑2~5mm,柱長10~30cm；
②窄徑柱（narrowbore），內徑1~2mm，柱長10~20cm；
③毛細管柱（又稱微柱microcolumn），內徑0.2~0.5mm；
④半制備柱，內徑＞5mm；
⑤實驗室制備柱，內徑20~40mm，柱長10~30cm；
⑥生產制備柱內徑可達幾十厘米。
色譜柱的性能除了與固定相性能有關外，還與填充技術有關。在正常條件下，填料粒度>20um時，干法填充制備柱較為合適；顆粒<20um時，濕法填充較為理想。填充方法一般有四種：
①高壓勻漿法，多有用于分析柱和小規模制備柱的填充；
②徑向加壓法，Waters**；
③軸向加壓法，主要用于裝填大直徑柱；
④干法，柱填充的技術性強，大多數實驗室使用己填充好的商品柱。
須指出，高效液相色譜柱的獲得，裝填技術是重要環節，但根本問題還在于填料本身性能的優劣，以及配套的色譜儀系統的結構是否合理。
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